天启皇帝诏曰：”近日宁锦危急，赖厂臣调度以奏奇功。说得是，袁崇焕暮气难鼓，物议滋至，已准其引疾求去。督臣驻扎蓟门，亦乃重地也。宁远督师，朕业特简枢臣，俾星驰赴任。料理李嘉训已有旨去了。“
天启皇帝谕曰：“朕承祖宗洪基，作华夷共主，乃匪茹之凶未殄，克艰之警方殷，雪耻除残，深廑宵旰。近者宁、锦之间羽书狎至，赖心膂股肱重臣运筹供亿，内镇、文武将士戮力冲锋，屡挫狂氛，一月三捷。奴今固败归于窟穴，不无思报于高秋，虽朕静摄，每切忧虞。兹览吏部等衙门会推宁抚本所举三臣，均属誉望堪寄节旄，然各在要害之地方，俱有吃紧之事寄。”
天启皇帝决定起用王之臣：“而宁远内藩山海，外劲锦州，声援所联，首尾交凑，非老成持重练达边材，若易称丈人、诗称元老者未能弹压共理。朕思枢臣王之臣久历塞圉，洞晓虏情，谋算周详，方略暇整，着特赐尚方剑加便宜行事，以原官星驰前去驻劄宁远，督师榆关等处，带抚辽镇地方，与同内镇臣刘应坤、纪用等共图战守之策及犁庭扫穴一应机宜，大帅以下悉听节制。往惟汝谐，断予朕志。其合用敕谕、关防等项，各该经管衙门上紧办给。之臣受兹特简，尚尽心殚虑，和衷共济，预修御备，早复全辽，慰朕东顾之怀，仰雪三朝之耻。特谕。”
督师兵部尚书王之臣言：”初臣出关，即查阅所历各城堡，见其垣墙垛口非不整峻，而大雨时行多有塌损，已严行各该将领督率所部昼夜并工，刻期完报讫；惟是兵马所在寥寥岂堪当虏，询其故则非自今始也。
主兵久毙于屯田，而盔甲、战马、器械不具；客兵大困于征缮，而畚锸负涂空劳；今岁秋禾颇收，而关外偏有虫灾，新来难民极多，而野处都无宁宇；三帅夙负威名，足资扞御，而兵马俱不凑手；西虏如今大多东投奴贼；北边行六七日閴无一夷，则我之肩背皆受敌之地也。”
王之臣也表示大明有“腹背受敌”的危险：“第一吃紧全在粮饷接济，若不积于不涸之府，何以安辑人心支持旬月乎！又总兵尤世禄驻锦州，侯世禄驻塔山，锦州城池遭雨頺坏，万不可居！今暂驻杏山塔山，低凹逼近高山非可守之地，其城垣亦且修筑未完，意欲移置别所。
臣思两帅信地已定，自当有进无退，岂得移易！但地利失险则人心不固，容臣临时相势酌处，至于粮料储备宜广、宜豫，则不可须臾缓也！”
天启皇帝表扬了王之臣，并表示要守信地：“卿出关受事即周览博询，缮葺城池、分派兵马、设处器械、谨严防哨桑土方略，深慰朕怀。储粮一节，内外饷部自当用心接应不致匮乏。顷览津部有截漕二十万石已发之奏矣，早晚须到不烦卿虑，孤城抗虏业有明效，责成三帅照依信地，用心防御、有进无退、无容示怯以启戎心。”
蓟辽总督阎鸣泰奏：“锦州遐僻奥区，原非扼要之地，当日议修已属失策，项以区区弹丸，几致挠动乾坤半璧，虽幸无事，然亦岌岌乎殆矣！窃意今日锦州止可悬为虚着，慎弗狃为实着；止可设为活局，慎弗泥为死局。且此番之战，我兵损伤亦多，今日急务无如补兵、练兵为要。迩抚臣欲于关门、蓟门各练兵一万五千，以备调遣之用。”
阎鸣泰不同意在蓟门练兵之计划：“窃计关内外向各以六万计，近宁远增二万，此八万之众皆厚饷，非蓟门之比。使此八万者人人皆劲兵，岂须一万五千之虑？使此八万者仍望济于一万五千，则厚饷蓄之何为？向以塔山一断，宁远、锦州声息不通。彼时兵将尽集宁远城，而关外三大臣又复为之一空。所幸贼一枝落海沿、一枝入兴水之谋未遂耳，万一不幸出此，则关门将若之何？“
阎鸣泰提出建虏可能会从海上、蒙古、广宁三个方面进攻大明：”闻奴攻朝鲜，得船四百只，而都令、色令与黄把都儿（蒙古部落名）近复自折入奴。傥令朝鲜叛人以片帆渡海，新附西虏以精骑窥关，而奴子自率大兵从广宁故道三路而来，皆计之最毒而事之不可知者，安得不急为之备哉？至关门城守之兵近日调撤几空，一时凑补无计，亦宜于六万之中为守、为援，分练停当，遇急即驰，弗以赴援之故輙动城守，致令生熟不一而战守两误。若夫兴水口山低路阔，系虏入坦途，而山下仅一斗大破堡，可为隐忧，则遣一偏禆宿重兵为防，尤计之必不可后者也。”
天启皇帝认为兵员训练才是要务：“宁锦之捷，制胜折冲，皆受厂臣秘画，朕所鉴知。锦州之议，业有旨下部。宁远八万、关门六万，兵已不少，从今以后，当实补、实练，自图战守，倘有缓急，酌议蓟门以资犄角，俱有旨了。兴水一口，御虏要害，宜屯重兵；缺饷一节，骄兵口实，宜速筹处，都说得是。俱着确议覆奏。”
七月初十日，镇守辽东太监纪用题：“锦州突遇贼至，战守未备。臣与诸官军约，‘全城之日，每日人赏一两’，于是人心踊跃思奋；既又与约曰，‘能出城杀贼者，每员各赏银五十两’，而各官争先杀贼，遂以战胜。臣初谓贼必不能持久，或二三日间可退，虽每日一两，所费不多，不期贼困我二十五日。以臣口许算之，共该五十八万四千五百七十二两。伏乞皇上悯念官军劳苦，再将别项银两量发前来，使臣不失信于官兵，为将来效力之地也。”
天启皇帝表示不能让战士们即流血又流泪：“览奏。锦城孤军抗守，出奇杀贼，既悬有赏格，岂容中止？除前给过赏功银每名五两外，还着该部作速量行措处，解发军前，用示朕鼓舞将士之意。”