北宋宣和年间，宋徽宗喜好花石竹木，在江南设“苏杭应奉局”，派众爪牙到东南各地，搜刮民间花石竹木和奇珍异宝，用大船运向汴京，每十船组成一纲，时称“花石纲”。
浙江省青溪县多产竹木漆，是应奉局重点酷取之地，因而深受剥削压迫之苦，农民无法求生。方腊对宋王朝的反动统治怀有刻骨仇恨，遂趁百姓不满之机，暗中把贫困失业的人组织起来。他利用摩尼教的“二宗”（明、暗）、“三际”（过去、现在、未来）之说，组织群众，得到广大农民的拥护。宣和二年（1120年）秋天在帮源起义。
有一年七月，大旱，晒得地裂叶枯，遍地焦黄，稻谷颗粒不收。大家用树皮草根还填不饱肚子，官府却连连上门讨税，把大家从山地里收起来的几颗杂粮，也搜括得一干二净。方腊和穷兄弟们，自己肚皮饿得精瘪，可是粮食却一车一车的，把县里的粮库装得满满的。大家心里真气极了，都想把粮库里的粮食弄出来。
有些性子比较急的人，看到被逼得走投无路，心头火起，三三五五聚在一起，摩拳擦掌，打算动武去抢。方腊听了这个消息，连忙对大家说：“硬打容易吃亏，要想个灵巧的办法才是！”他见大家很齐心，便到私塾里去找老先生，问问他过去官府散粮是咋个散法的。这个老先生也是穷苦人，心肠蛮好的。他听方腊问起散粮，就叹口气说：“散粮要有官府的告示才行！” 方腊听了，心里的主意也打定了，就说：“老先生请你写张告示，我们拿了告示，去向粮库要粮去！” 老先生摇摇头说：“告示我会写，告示上要盖官印，哪来这颗印呢？”方腊想到了一个妙计：用豆腐干来刻官印。
等老先生写好了假告示，方腊也搞好了豆腐干做的假官印，往告示上一按，同真的官印一模一样，不差分毫。老先生看了告示上的官印，也连连点头佩服。方腊拿了这张告示，就领着全村的穷兄弟，到县城里去。凭着假的告示和官印，方腊和大家终于搞到了救命的粮食。
宣和二年（1120元）十月，方腊率众起义，自称圣公，建元永乐，设置官吏将帅，以头巾区别等级，从红巾往上分六等。义军无弓箭、盔甲，只以鬼神那些隐秘难测的事互相煽动，烧房舍，掠金帛子女，诱逼良民加入起义军。人们安于太平，不识兵革，听到金鼓声就束手听命，不到十天就有数万人参加义军，在息坑打败并杀死宋将蔡遵。
十一月攻占青溪，十二月攻占睦、歙二州。南面攻克衢州，杀死郡守彭汝方；北面横扫新城、桐庐、富阳各县，进逼杭州。杭州郡守弃城逃走，义军占领杭州，杀制置使陈建、廉访使赵约，放火烧了六天，死者不计其数。义军凡是抓住宋的官吏，定要割其肉，断其体，取其肺肠，或者熬成膏油，乱箭穿身，用各种办法折磨他们，讨还血债，以解心头恨。
宣和二年（1120年）十二月初，起义军攻陷睦州，杀官兵千人，占据寿昌、分水、桐庐、遂安等县；十二月末，方腊挥师向西，攻克歙州（今安徽歙县）。
宣和三年（1121年）正月，方腊派大将方七佛率众六万进攻秀州（今嘉兴），秀州统军王子武乘城固守，不久宋军援兵赶到，大败起叛军。
宣和三年（1121年）二月，宋军包围杭州，宋徽宗下诏“招抚方腊”，被方腊拒绝。方腊亲自指挥抵抗，由于城中缺粮，起义军被迫撤出杭州。
宣和三年（1121年）三月，方腊率起叛军再次进攻杭州，方腊四大猛将分别是镇国元帅厉天闰，宝光如来国师邓元觉，护国大将军司行方和南离大将军元帅石宝。
石宝，福州人氏，方腊部下猛将。他是方腊部下中最有才能与梁山众好汉相抗衡的人。他在最后的决战中，一共杀了五位梁山好汉，分别是锦毛虎燕顺、急先锋索超、丧门神鲍旭、火眼狻猊邓飞、铁笛仙马麟。这五位梁山好汉的武艺也算得上是高的了，但还是败在了石宝剑下。可惜最后被逼到的死路，为了不被受辱，用自刎完毕了本人的终身。
厉天闰，南国人，方腊手下大将。厉天闰一刀斩了小霸王周通，连打虎将李忠也带着伤逃走了。厉天闰用十个回合就杀败了左手曾经负伤的双枪将董平，还借着松树的掩护，一枪撂倒没羽箭张清。
司行方，南国人，方腊太子方定天手下武将。他用了三十回合就斩杀了梁山水泊的步兵统领插翅虎雷横。可见司行方的实力是很强的，可是他运气不太好。还没发挥出本人全部的实力，便由于兵没落入水中，淹死了。
邓元觉，歙州僧人，方腊的国师。与花和尚鲁智深斗了五十多回合，不分胜负。鲁智深有多凶猛，不可思议。而邓元觉却能和他打成平手，可见实力非同普通。最后的决战上，邓元觉被花荣一箭射中，坠下马去，让众军乱刀砍死了。
杭州失守，形势急转直下，叛军从节节胜利变成节节败退。歙州、睦州、衢州先后失守，方腊从富阳、新城、桐庐一路退到青溪县，最后退守帮源洞。此时起叛军尚有二十万人，但战斗力大大下降，“与官兵力战而败。”
宣和三年（1121年）四月二十四日，宋军包围帮源洞。方腊在石洞中躲藏起来，由于石洞极为隐蔽，官军不知如何进入。在宋军中任裨将的韩世忠侦查到路径，便率骁勇进入方腊所藏洞中，格杀数十人。
宣和三年（1121年）四月二十七日，方腊和妻子、宰相方肥等人被忠州防御使辛兴宗所俘虏，藏匿在洞中的七万起义军被杀，方七佛等人逃走，方腊等人被押往汴京。
宣和三年（公元1121年）八月二十四日，方腊被杀。轰轰烈烈的方腊起义，至此才落下帷幕。