随着拍摄的进行，卡梅隆对第三部的成功越来越有信心了。
在哥伦布的帮助下，他充分发掘了小演员们的个性，这让第三部比之前两部会更符合他的艺术审美。
大导演还尝试了第一次在《哈里罗》的电影里拍摄长镜头，就是在破釜酒吧里哈利与韦斯莱一家相见，韦斯莱先生提醒哈利要当心小天狼星对他不利的那段剧情。
在经过紧张的准备工作之后，随着导演的一声令下，演员们按照剧本开始各自的走位和表演。
哈利趴在长桌上看着赫敏和罗恩争论克鲁克山是否危险，双胞胎兄弟走过来和他们打招呼，接着是韦斯莱夫妇出场，韦斯莱太太表达了她对哈利的关心，韦斯莱先生则把哈利拉到一边僻静的地方警告他要小心布莱克，赫敏起身为韦斯莱一家让出位置并抱着肥猫和金妮聊起天来。
整个镜头一气呵成，中间没有任何出错，连卡梅隆都叫了一声好。这种一镜到底的艺术感让他着迷，前两部受限于小演员们的演技他只能中规中矩，这一部终于有了他能发挥的空间。
真的是一点都不容易啊！
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同样让他满意的还有新角色的稳定发挥，小天狼星和卢平是第三部里最亮眼的角色，早已久负盛名的加里·奥德曼不用提，大卫·休里斯的出色演出也让卢平教授这个角色添色不少，大卫·休里斯还同意到利维斯顿学校为学生们担任演技老师，不管是戏里戏外都以教授的身份颇受孩子们的欢迎。
美术部继续在这一部里交出完美的答卷。
第三部里最让人感兴趣的新出场道具是骑士公共汽车，这是一辆三层高、艳紫颜色的公共汽车，挡风玻璃上用金色的大字写着“骑士公共汽车”几个字。
按照设定，骑士公共汽车为处于困境的女巫或者巫师开设的应急客运，车费11个银西可。举起魔杖，随着震耳欲聋的砰的一声响，汽车就会突然出现并将人带到任何他想去的地方。
骑士公共汽车是艾玛设计的，她的灵感来源于在英国运营的长途夜班车，那时候她正在和罗修讨论关于神眷骑士的话题，突然想到“knight”（骑士）与“night”（夜晚）是谐音，此外骑士一词也有拯救和保护的意思在里面，所以最后设计了这辆以应急为目的的公共汽车。
道具组根据原着里的描述，最后选择将一辆aecregentiiirt型双层公共汽车进行改造，他们把改造后的三层车体框架安装到了一个丹尼士标枪巴士的客车底盘上。在经过哥伦布的同意后，道具师还在骑士公共汽车的天花板上悬挂了一个大枝形吊灯，这是原着里没有的细节。
同样有个原着没有的细节，作者没有提及过的载客量问题，道具组在慎重考虑后，决定在汽车内部挂了一块写着每层可以乘坐3名乘客的牌子。
视觉特效部门也在这上面花费了不少心思，原着中的骑士公共汽车周边的障碍物会通过跳到一边的方式避免与车子相撞，但视觉特效部认为他们可以做得更好，于是电影里公共汽车是通过突然转向或者收缩的方式避免与障碍物相撞，这样更能体现骑士公共汽车的神奇之处。同时，他们还为骑士公共汽车增加了隐形设定，会在被叫到的时候出现，并在离开时消失。
不过剧组还是遇到了不少小麻烦，譬如在测试中才发现骑士公共汽车的顶部实在太重，最后不得不在底部增加了4吨重量避免翻车。为了拍摄这个场景，剧组把伦敦一条街道封路了整整一周时间，幸好这得到了伦敦警察厅的全力支持，否则美术部就只能选择搭建一整条街道来进行拍摄了。
在摄魂怪的处理上剧组也是费劲了心机，概念艺术家设计出了足够吓到小朋友的摄魂怪，但道具部门却一直没法做出理想的效果，最后他们选择和视觉特效部合作，把一块破布放在水里模拟出在摄魂怪在半空中飘动。
摄魂怪出现时的场景出了个小插曲，卡梅隆根据原着的描写要求摄魂怪出场的时候水要变成“冰”(ice)，但视觉特效部门听成了“眼睛”(eyes)。然后一堆技术宅一边感叹导演天马行空的创意，一边真的制作出了无数眼睛眨动的特效镜头，他们还用“紫妈的间隙”来称呼这个特效，只可惜最后没被采用，导演要的是一部魔法片，不是一部惊悚片……
在拍摄过程中，英国国家旅游局也找到了迪士尼。《魔法石》电影的全球影响力巨大，至今为英国增加了超过了100万人次的国外游客，旅游局希望接下来的系列电影中能够拍摄更多的英国景点。
于是卡梅隆大手一挥，把《阿兹卡班囚徒》里哈利骑着鹰头马身有翼兽在湖面掠过的场景搬到了英格兰最大湖泊温德米尔湖——反正全部花销是由国家旅游局买单。这里是英格兰最受欢迎的度假胜地之一，还有着“英国中部最美丽的风景”之称，剧组就当顺便是来度假了。
原本道具组也是想打造出一头机械鹰头马身有翼兽，他们几乎要成功了，只是最后因为模型的表情实在是太僵硬才不得不放弃改用视觉特效。罗修在拍摄时骑的其实只是一个马形状的绿色道具，鹰头马身有翼兽会在后期合成上去。他还尝试了各种动作，包括在飞行时张开双臂拥抱天空，卡梅隆觉得这个镜头很赞，也许今后能用得上……
拍摄工作在4月份遇到了麻烦。
海格小屋远景的取景地是这次拍摄的主要外景地之一，包括魔法部处决鹰头马身有翼兽在内的剧情都在这里发生，哥伦布带着助手跑了大半个英国，才在苏格兰西部的格伦科峡谷找到了一个风景绝佳的地方来进行拍摄。
置景部门、布景部门通力合作，用了三个月时间提前布置好了外景场地，但在4月中旬却发现建起的海格小屋被人为破坏了。虽然最后警方抓住了破坏者，并查明只是两个在附近野营的酒鬼酒后闹事的行为，但卡梅隆担心其中是否会有圣殿骑士团的阴谋，最终还是决定更换场地。
于是导演组开始疯狂地在全英国挑选备用场地，可惜那些都不能让卡梅隆满意，最后还是艾玛提出了一个办法，原着里写到这一段的时候她参考了里沃兹修道院所在的布拉克山脉，也许那边可以试试看。
哥伦布立刻带着摄影师去布拉克山脉寻找合适的外景地，他很快找到了一个山谷，位于山地林线上的大片草甸提供了绝佳的拍摄视野，完美满足原着中一系列情节发展的需要。于是美术部再次全体出动，仅用了大半个月的时间就在那里搭建好了绝大部分的场景，剩下的也保证能在最后拍摄前完成。
为了给美术部更多的时间，卡梅隆把原本准备放在后面的拍摄计划提前，譬如哈利和赫敏在医院病房里使用时间转换器的镜头。
罗修拿到的剧本里只写着“哈利看到赫敏把时间转换器转了三圈”，但如果会这样老老实实看着的就不是皮皮修了，他鬼使神差地伸出右手想触碰一下时间转换器，艾玛则下意识地抬手打掉了这只罪恶的爪子。
“啪”的一声脆响让现场的剧组人员有点傻眼，演员临场发挥不是一件罕见的事情，但敢公然殴打男主角的却很少。
所有人看向女主角的眼神变得敬畏，利维斯顿大姐头的赫赫威名在片场闪耀。
只有卡梅隆在监视器后面看得一阵暗爽，他也想揍这只皮皮修很久了……