电影最终还是没因为省钱跑去蒙特利尔，而是在巴黎进行拍摄了外景，苏菲亚的厉害就在于剧组没因此多花费预算——
她直接找巴黎市长谈判，以罗修和艾玛结束息影复出后的第一部电影作为谈判筹码拉到了巴黎市政府的赞助。
作为交换条件，电影将会向观众们呈现巴黎的各种风貌，包括凯旋门、巴黎圣母院、塞纳河，当然也不会拉下举世闻名的罗浮宫广场等等。
巴黎市政府希望能够通过电影来推动本市的旅游业发展，因此除了提供资金支持外，还全力配合剧组的拍摄。
导演格林格拉斯对此举双手欢迎，不过比起那些漂亮的风景名胜，他更中意位于第十一区的贝尔维尔市场。这里住了包括中国人、越南人、北非犹太人、北非回教徒等在内的各种不同的人，不同的文化在这里交汇，道地的广式面馆旁边很可能是一家突尼西亚犹太小馆，罗马尼亚人在越南人开设的小超市购物。这里没有世人对巴黎的浪漫印象，游客也常常被警告最好不要在这里流连，但却是小老百姓所居住的巴黎，也是整个法国的缩影。
剧组在巴黎市区拍摄了两场刺激的动作戏，一场是伯恩和玛丽开着一辆迷你奥斯汀在巴黎街头和警车进行疯狂的你追我赶；另一场是伯恩在公寓和中情局杀手大打出手。
飞车追逐那场戏在巴黎街头一共拍了十天，巴黎警方还为此封锁了超过十条街道，以便让追逐战能够经过更多的旅游景点。而担任这场追逐任务的主角座驾并不是特工电影里经常出现的豪华跑车，而是一辆不起眼的迷你奥斯汀，伯恩驾驶着它在一些警车进不了的小巷里钻进钻出以摆脱追捕。之所以选择这辆马力不强，操控性也不优秀的微型车，罗修的理由是要向他的老师艾金森先生致敬，只有艾玛才知道皮皮修只是想玩《意大利任务》里mINI车满大街跑的梗。
在巴黎公寓里的打斗戏拍摄得要比汽车追逐轻松，罗修完全不用武替——实际上剧组也没给他准备，所有的动作严格按照武术指导的要求完成，精准得犹如一部机器，让这场打斗成为《谍影重重》中最耀眼的部分：
伯恩先用小臂外侧格挡了杀手的刀劈，避免了小臂内侧分布的动脉血管和控制手掌屈伸的肌肉被利器割伤，同时快速移动到杀手手臂侧面占领了有利位置。
随后，他抓到一根圆珠笔作为自己的武器，两手相剪将笔插入杀手的手臂肌肉，抢先削弱了对手的战斗力。
杀手不甘示弱，用左腿高扫接右腿回旋踢反击，但被伯恩抱腿并再次使用圆珠笔刺中了大腿。
落入下风的杀手忍痛奋力用拳刺进攻，伯恩再一次抓住时机，轻松控制住杀手的手腕，同时用圆珠笔刺入杀手右肋，最后利用身法退出近身肉搏，同时还将圆珠笔钉在杀手的持械手掌上。
此时杀手的行动能力几乎被消耗殆尽，唯一未受伤的右腿也在他最后放手一搏的时候也被伯恩一脚废掉，最后只能跳楼自杀避免被俘。
这场短暂而凌厉的格斗，其实在伯恩一点一滴地侵蚀杀手进攻及行动能力中早已结束，最终的结局在一开始就被注定。
如此精彩的打斗就连袁和平都看了叫好，格林格拉斯也是连连点头，打的动作干净利落，出拳的位置刚好，剪接起来就会很漂亮，这就是他想要的。
结束巴黎的拍摄后，剧组立刻转战捷克的首都布拉格。这个城市在近几年的电影中为几乎每一座主要的欧洲大城市做过替身，这次它充当了瑞士的苏黎士。
按照制片人的说法，反正苏黎士的街景并不突出，但在布拉达拍摄却能够提供更有戏剧性的场景。
特效总监及视觉总监用好几吨的人造雪把布拉格市区改造成苏黎士的雪景，还将一栋废弃的银行大楼变成电影里的美国领事馆。伯恩在遭到瑞士警方追捕后逃到这里，但又在里面被四等人围堵，这场追逐戏的重点是伯恩在逃跑中攀下约25米高的大楼外墙，罗修得在没有安全绳的前提下徒手攀爬——依然没有替身。
袁和平看得目瞪口呆，他不得不询问站在身边的艾玛：“现在好莱坞明星这么不值钱了？在渔村也就成龙一个人敢这么玩！”
艾玛却没有半点紧张，她仰着头看着罗修用单手把自己挂在墙壁的腰线上晃来晃去：“哈利小时候就会爬山、攀岩，我们二年级的时候他也是这样一点防护都没有，就爬到了攀岩墙的最高点，还把我们的老师莎拉女士吓了一大跳。”
女孩回忆起儿时的点点滴滴，记忆中的小罗修与正在拍戏的罗修重叠在一起，虽然已经十年过去了，但那个黑发男孩一点都没有变。
真好。
这时罗修已经沿着墙壁和逃生梯下到地面，他来到了嘴角含笑的艾玛面前：“怎么了？什么事情这么开心？等等……你不会是把我藏起来的烤面包给偷吃了吧！”
艾玛：……这只哈士奇还是应该变一点才好！
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《谍影重重》不仅有精彩激烈的动作戏，更有鲜明的角色塑造和细腻的人性刻画，尤其是随着记忆的恢复，伯恩的性格也随之变化。罗修的演技被几位大导演反复调教后已经获得了极大的进步，他不再只是利用灵魂模拟进行简单的模仿，而是加入了精细的情绪控制，这足以让他在镜头前展现出伯恩的复杂性格。
但这还不能让格林格拉斯满意，他希望将伯恩塑造出成一个全新的间谍电影英雄，因此需要更充分地表达出伯恩的内心挣扎，最终，这位导演利用了频繁变动的国家边境恰到好处地衬托出伯恩的转变。
在苏黎世和巴黎，伯恩还显得虚弱和迷茫，当他开始把自己的记忆拼凑在一起时依旧低调和自然，尽量不惹人注意。但当第一个杀手出现，以及教授的到来，整部电影才真正变成一部典型的动作片。这种逐步的递进让观众们看到了一个逐渐蜕变的伯恩，将自己代入到整个故事中去。
只是格林格拉斯还有个问题要解决：如果要有别于过去的特工电影，那么在《谍影重重》的男女主角刻画中应该将两人尽量的平凡化，特工不再是充满了神秘的光环，而是生活中的普通人，这也是《谍影重重》里尽量避免神奇的道具出现的重要原因。
这里的重点是，普通人。
可罗修和艾玛一点都不像普通人！
格林格拉斯拿到剧本的时候，脑子里的第一反应是男女主角都应该相貌普通。但他没得选，苏菲亚告诉他已经指定了由相貌平平的罗修和艾玛出演这两个角色，而且绝对不可能更换。倒是导演是可以被替换的，反正多的是工具人——如果格林格拉斯胆敢反对这位霸道女总监的决定。
格林格拉斯不得不重新设计角色的特点，无论如何都要将伯恩与上世纪的特工形象区分开来。
《007》系列电影诞生于冷战期间，世界大战的阴云笼罩在所有人的心头，大家渴望有一个无敌的超级英雄来拯救这个世界，每个人都将自己能想到的最好的一面附加在这个英雄身上，最终造就了詹姆斯邦德这个完美的特工。
如今新一代的观众没有经历过冷战的巨大压力，他们更喜欢看到一个平凡的特工，因为平凡的英雄更贴近人心。
但这两人怎么看都不够平凡啊混蛋！
格林格拉斯差点都绝望了，罗修光是往那里一站，代表人类颜值巅峰的容貌就在告诉每个人——他就是主角。
除了起点的读者老爷们，普通观众哪来的代入感！？
这还怎么讲出一个失去记忆的特工找寻自我、回归生活的故事！怎么让生活在平常日子的观众们仿佛身临其境，和主角一起渴望摆脱命运，珍惜当下的生活！
格林格拉斯差点把自己的头发都要抓光了，他想起了那个格斗教练临走时的幽怨眼神，现在也深有同感。
主角太帅气了，有时候也不是一件好事。