己亥（二十九日），刘秀来到怀县，派遣耿、陈俊在五社津屯驻，防备荥阳以东的变化。命吴汉率领建议大将军朱祜等十一位将军包围朱鲔镇守的洛阳。八月，刘秀前往河阳。
更始朝宰相李松从城领兵返回，跟从刘玄与赵萌一同进攻王匡、张，战于长安。一连打了一个多月，王匡等败逃，刘玄迁居到长信宫。赤眉军到达高陵，王匡、张等迎接并投降赤眉，于是共同连兵攻打长安东都门。李松出战，赤眉军生擒李松。
李松的弟弟李况担任城门校尉，他打开城门把赤眉军放了进来。九月，赤眉军进入长安，刘玄一个人骑马从厨城门逃出长安。刘玄所封的式侯刘恭因为赤眉军拥立他的弟弟刘盆子做皇帝，就自己绑缚起来，囚禁诏狱。听说刘玄兵败逃跑，才出狱，去见定陶王刘祉。
刘祉替他除去身上的刑具，一起到渭水河畔跟随刘玄。右辅都尉严本害怕刘玄被赤眉军所杀，就挟持刘玄到高陵，严本亲自率兵守卫，实际是把刘玄包围起来。刘玄的文武官员全都投降了赤眉军，只有丞相曹竟不降，手持宝剑格斗而杀。
辛未（初六），刘秀下诏封刘玄为淮阳王。诏书说，无论官吏或百姓敢有杀害刘玄的，罪与大逆相同；有把刘玄送到官府的，封为侯爵。
起初，宛城人卓茂宽厚仁义而谦恭爱人，性情恬淡坦荡而乐守圣贤之道，朴实无华而不修饰，行动在清浊之间而不偏激。从少年到白发的老年，从未跟人争执过，家乡的亲朋故友虽然品行才干与卓茂不同，却全都很爱慕他。
卓茂在西汉哀帝、平帝时当密县县令，把老百姓看做自己的儿女，推行仁政教化百姓，口无恶言，官民亲近热爱他，不忍心欺骗他。曾经有一个人上告说，卓茂属下的亭长接受了他所送的米和肉。卓茂说：“是亭长跟你要的吗，还是你有事托他而送给他，还是平时自有恩惠情义而送给他的呢？”
那个人说：“是我自己送给他的。”卓茂说：“是你自己送去他接受的，为什么还要上告呢？”那个人说：“我听说贤明的君主让老百性不惧怕官吏，官吏也不向老百姓索取东西。而现在我畏惧官吏，所以送东西给他。而他最终接受了，所以我来报告。”
卓茂说：“你是个坏百姓！人所以聚集在一起有秩序地生活而不同于禽兽的原因，就在于人有仁爱礼义，懂得互相尊重。而你偏偏想不在乎这些，难道你能够远走高飞，脱离人间吗？官吏固然不应当凭权力强求索取。亭长向来是一位善良的官吏，每年按时送他一点东西，是符合礼的。”
那个人说：“如果这样，法律为什么禁止呢？”卓茂笑着说：“法律设立行为的规范，礼则顺应人之常情。现在我用礼教诲你，你一定没有怨恨恶感；如果我用法律惩罚你，你将有什么举动呢？同一个门内，罪过小的可以论罪，罪过大的可以杀头。你且回去想想吧！”当初，卓茂到密县上任后，有废除的事项，也有新设立的措施。
官民嘲笑他，邻城的人听说以后都叽笑他没有才干。河南郡为他设置了一位县令。卓茂并没有感到厌恶不满，照常办公。几年以后，他所推行的教化形成风气，以致路不拾遗。后卓茂升迁当京部丞，密县的老少全流着眼泪，一路跟随着为他送行。
等到王莽摄政，卓茂因病辞官，回归故里。刘秀称帝后，首先寻访卓茂的下落。卓茂当时已七十余岁。九月甲申（十九日），刘秀下诏书：“名誉满天下，应当受最重的奖赏。现任命卓茂当太傅，封为褒德侯。”
臣司马光曰：孔子说：“推举善行，教育能力弱的人，人们就能互相劝勉。”所以，虞舜推荐皋陶，商汤推荐伊尹，邪恶不仁的人远去，是因为这两人品德高尚的缘故。光武帝刚刚即位，群雄竞逐，四海之内像滚水般沸腾。
那些冲锋陷阵的人，有权谋而善辩的人，正为世人所敬重。而唯独光武帝能起用忠厚之臣，表彰奉公守法的官吏，从社会最底层选拔人才，安排在公卿首位。他所以能光复汉室，长治久安，是由于他知道首先必须做什么才能达到根本目的的缘故。
刘秀的将领们包围洛阳达几个月，因朱鲔坚守而未能攻下。刘秀因为廷尉岑彭曾经当过朱鲔的校尉，所以派岑彭前去说服朱鲔。朱鲔在城上，岑彭在城下向朱鲔陈述利害得失。朱鲔说：“大司徒刘被害时，我曾经参与谋划，又曾劝更始不要派遣萧王北伐。我确知自己罪孽深重，不敢投降。”岑彭返回，把这些话向刘秀禀报。
刘秀说：“做大事的人不计较小怨。朱鲔现在如果投降，可保全官职和爵位，怎么能够治罪呢？有黄河水在此作证，我决不食言！”岑彭又前去向朱鲔转告刘秀的话。朱鲔从城上垂下大绳子，说：“如果你说的确实是真的，请用绳子上城。”岑彭向前准备攀登，朱鲔看到他的诚意，就答应投降。九月辛卯（二十六日），朱鲔把自己反绑起来，和岑彭一起到河阳。
刘秀解下他身上捆绑的绳索，接见了他，又让岑彭连夜送他返回洛阳城。第二天早晨，朱鲔和苏茂等带领全体官兵出城投降。刘秀任命朱鲔为平狄将军，封扶沟侯。朱鲔后当少府，封爵世代相传。
刘秀派侍御史河内人杜诗安抚洛阳民心。将军萧广纵容部下为非作歹，杜诗劝戒告谕但萧广不改。于是杜诗杀了萧广，回来后把情况报告刘秀。刘秀接见杜诗，赐给他官吏出行时作前导的戟，并提升官职。
冬季，十月癸丑（十八日），刘秀进入洛阳，临幸南宫，于是定都。
赤眉拥立的刘盆子颁布诏书说：“刘玄如果投降，封为长沙王。超过二十天就不再接受。”刘玄派遣刘恭去请降。赤眉命右大司马谢禄前往接受刘玄投降。刘玄跟着谢禄，光着臂膀，向刘盆子呈上玉玺、绶带。
赤眉将领们让刘玄坐在大庭中央，准备杀他。刘恭、谢禄替他求情，不被采纳。然后赤眉将领们把刘玄拉出去行刑。刘恭一面追一面大声喊：“陛下！我已经尽了最大的努力，请让我先死！”
拔剑就要自刎，樊崇等急忙一同上前救助，制止了他。这才赦免了刘玄，封为畏威侯。刘恭又坚持替刘玄请求，刘玄终于得以被封为长沙王。刘玄常常依靠谢禄，和他在一起居住，刘恭也支持保护他。
刘盆子住在长乐宫，三辅各郡县和营寨的首领派使节进贡。兵士们每每在途中劫夺财物，又多次残暴地掠夺官民，官民因此全都又回到各自的营寨坚守。
三辅百姓不知应归附谁，听说唯独邓禹的军队连打胜仗，且军纪严明，于是全都扶老携幼，老远看见邓禹的军队即迎上前去，归顺的人每天以千数计算，部众号称百万。邓禹所到之处，都停车竖起符节，慰劳归顺的百姓。父老儿童满满地围在邓禹车下，没有不感激喜悦的。
于是邓禹的威名震动关西。各位将领豪杰都劝邓禹直接攻打长安。邓禹说：“不能这样。眼下我们的人数虽然多，可是能打仗的人少。前面没有可依靠的粮草，后面没有运送给我们的物资。赤眉军刚刚攻占长安，钱粮充足，锐不可当。
一群强盗匪徒纠合到一起没有长远打算，他们钱粮虽然多，但变故太多，岂能长期固守！上郡、北地、安定三郡，地广人稀，粮食丰富，牲畜繁多。我暂且领兵向北，到粮多的地方休养军队，以等待赤眉军疲惫，那时才可图谋消灭他们。”于是率军向北到达邑。所到之处，各营寨郡邑全都开门归顺。
刘秀派岑彭攻打荆州一带的众贼军，攻下、叶等十余城。
十一月甲午（三十日），刘秀到达怀地。
梁王刘永在睢阳称帝。
十二月丙戌（十一日），刘秀返回洛阳。